A Confraria da Corte foi instituída muito provavelmente no século XVI, na Capela Real, a atestar pela Provisões Régias datadas a partir dos anos de 1533.
A documentação existente na Torre do Tombo referente à Confraria da Corte é composta por Cartas, Recibos, Conhecimentos e Rol das Esmolas atribuídas à Confraria, nas datas de produção entre 1533 a 1772.
Desses documentos destacamos o documento Receita das Peças da Confraria da Corte no anno de 1557 (PT-TT-GAV-1-5-22) que inclui o rol das alfaias e objectos de liturgia da confraria, onde constam as seguintes peças: “Hua cruz de prata branca com seu pe em que esta lavrada de cizel alto N.ª Sr.ª da conçeyção e saom Roque e Saom Sebastião que todo pesa seis marcos, duas onças, seys oytauas”, “hum reliquayrio de prata quem tem reliquias em nove repartimentos feyto a maneyra de portado, com dois pilares, em que estão São Roque e São Sebastiaom e em riba do friso Nossa Sr.ª da conçeyção que pesa sete marcos, seis onças, e seis oytauas”, “Hum retauolo gra.de Nossa Sr.ª e Sam Roque e Saom Setastiaom”, “Hum cofre piqno onde estão bulas do Papa e padroes, e outros papeis neçessarios”, “Huma bula do Papa Paulo terçeyro da aprobação da comfraria”, “Hum confissionayro de graças e privilegios cōçedidos aos Comfrades”, “Huma bulla das yndulgençias de Nossa S.ª do Populo concedidas á Comfraria”.
Além do cumprimento de missas por alma dos reis e provedores da confraria, D. Sebastião, D. João, Cardeal D. Henrique, dos sufrágios pelos confrades e familiares, a Mesa cumpria anualmente um calendário de visitas nos dias de São Roque (16 de Agosto), São Tomé (21 de Dezembro), Domingos de Ramos, a um conjunto de mulheres e suas filhas (muitas residentes na zona do Bairro Alto), para distribuição de esmolas. Nos róis de visita relativos aos anos de 1715 e 1716, encontramos o nome de cerca de 21 mulheres que se encontravam sob a proteção da Confraria.
Com o Terramoto de 1755, a Confraria perdeu uma parte importante da sua documentação “que se queimaria no incendio que houve” (BNP Cod 170), mas no livro de pagamentos do ano de 1617, são identificados os seguintes oficiais da Mesa: Tesoureiro e Recebedor, Ministros da Capela, Apontador dos Livros, Escrivão, Capelão Mor, Cantor da Capela (Manoel Mexia Rastilho, que foi cantor na corte de Castela), Mestre-de-Cerimónias. Anualmente era também eleito um Médico-cirurgião para dar apoio às protegidas e aos Irmãos e um Andador que se responsabilizava pela ornamentação da Capela.
