Mandado construir por D. João V para cumprir um voto de sucessão, o Palácio de Mafra é o mais importante monumento do barroco em Portugal. Para a Real Obra, encomendou o Rei esculturas e pinturas a Mestres Italianos e Portugueses e, na Flandres, dois carrilhões com noventa e dois sinos. O Paço de Mafra foi sempre muito visitado pelos reis, para assistirem a festas religiosas ou caçar na Tapada, não cumprindo funções de residência para a Família Real.
A estatuária da Basílica, foi uma encomenda joanina ao grandes mestres italianos, entre os quais se contam Lironi, Monaldi, Bracci, Maini, Corsini, Rusconi e Ludovisi, constituindo actualmente, uma importante colecção de escultura barroca italiana fora de Itália, a qual inclui ainda os seus estudos em terracota, bem como a produção da Escola de Escultura de Mafra, aqui criada no reinado de D. José I sob a direcção do mestre italiano Alessandro Giusti, e por onde passaram importantes escultores como Machado de Castro.
Em Mafra, e instalada na Capela do Campo Santo, foi erecta a Irmandade da Ordem Terceira da Penitencia de São Francisco de Mafra, em 17 de Setembro de 1736, debaixo de proteção real, obtendo os mesmos privilégios e sob a mesma regência, que a sua congénere de Lisboa. Sob o seu Compromisso se assentaram como Irmãos, numerosos artistas e artífices nacionais, e no ano de 1740, a Irmandade passou a realizar a Procissão da Penitência dos Santos Terceiros Franciscanos. Um solene cortejo marcado pela presença da soberba Cruz processional (feita em Itália), seguida de dez andores: O Salvador do Mundo; O Papa Nicolau IV dando as Regras a S. Francisco; Os Bem Casados (Santos Lúcio e Bona), São Roque; Santa Margarida de Cortona, Santo Ivo, Santa Rosa de Viterbo, São Luís Rei de França, Santa Isabel Rainha de Portugal e O Senhor do Monte Alverne.
Em 1866, a Irmandade estava reduzida a quatro Irmãos, número insuficiente para se manter legalmente activa (face ao estipulado pelo Decreto de 21 de Outubro de 1836), o que levou à realização de um processo de extinção que teve lugar com a emissão do Alvará de 17 de Agosto de 1866.
