O forte foi construído por volta de 1670, por ordem do Conde de Pontével (D. Luís da Cunha e Ataíde), para defender a Praia de S. Roque (antiga denominação da Meia Praia) e a foz da Ribeira da Carrapateira (desaparecida completamente no inicio do século XX). O Forte fazia parte do conjunto de fortificações defensivas da costa, para proteger a cidade de Lagos dos ataques de piratas e corsários.
O sismo de 1755 danificou as estruturas, tendo sido foi reparado em 1796, para servir de elemento defensivo no período das Invasões Francesas. No século seguinte, a estrutura fica ao abandono e em 1873 foi cedida à Alfândega de Faro, sendo aí instalado um posto de fiscalização.
Praia de S. Roque
É um extenso areal que se estende desde o Farol de Lagos (molhe este) até ao Forte de S. Roque da Meia Praia.
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