Em 1527, D. João III instituiu a Irmandade da Corte, destinada a socorrer as viúvas dos fidalgos e cavaleiros pobres que morressem ao serviço de Portugal e que ficou responsável pela manutenção de um hospital e capela, dedicados em louvor de Nossa Senhora da Conceição, São Sebastião e São Roque. Esta capela estava ligada com a Igreja do Divino Espírito Santo, sede da Ordem Terceira de São Francisco.
Em 1552, D. João III manda Ambrósio Rodrigues efectuar obras na Capela de São Roque, que se prolongam até ao ano seguinte.
No início do século XX, um tremor de terra destruiu a capela, seguindo-se a demolição do que restava da estrutura em 1909. Em 1913, inicia-se a transformação deste lugar em escolas cuja obra só ficou concluída em 1916. Actualmente este edifício representa não só a memória associada ao ensino mas também o lugar das práticas médicas e espirituais vivenciadas no antigo hospital e capela, dedicados em louvor de Nossa Senhora da Conceição, São Sebastião e São Roque.
Ao longo dos séculos a arquitectura civil e religiosa certifica a importância de Almeirim enquanto lugar de corte como atesta o edifício do Paço que, foi edificado por ordem de D. João I, sendo posteriormente ampliado por D. Manuel I que aqui costumava passar o Inverno ou refugiar-se durante os grandes surtos de peste. É em alguns desses anos que o dramaturgo Gil Vicente aqui fez representar perante a corte os seus autos: Auto da Fé (1510); Barca da Glória (1519); a comédia: Dom Dardos (1525, por ocasião do casamento da Infanta D. Isabel com Carlos V; a farsa O Juiz da Beira (1526).
O vigor do lugar levou à entrega de uma Carta de Mercê, por parte do rei D. João II, em 1483. Aqui foram convocadas as Cortes, primeiramente por D. João III (1544) e depois pelo Cardeal Rei D. Henrique (1580).
Em Almeirim celebraram-se os casamentos da Infanta D. Isabel com o Imperador Carlos V, e o do seu filho Filipe II com a Infanta D. Maria e aqui faleceu o Cardeal D. Henrique, em 1580.
Outros locais de Interesse
A Fonte de São Roque é juntamente com a toponímia (Rua e Travessa de São Roque) o testemunho da antiga devoção. A designação de São Roque como denominação de uma fonte está sem dúvida ligada à história da vida do Santo, quando no momento de refugio na floresta por se encontrar doente, o Santo foi salvo pelo pão e pela água que bebeu e que lhes foram revelados por Deus, que lhe enviou na figura de um cão que todos os dias roubava um pão ao dono para levar ao Santo e um Anjo que indica uma nascente de água.
Em 1859 esta fonte de São Roque integra já o conjunto de nascentes e poços explorados para consumo de água potável, e em 1901, a fonte receberá obras de beneficiação mantendo-se assim em funcionamento.