A reconstrução do Real Arsenal nos terrenos da Ribeira das Naus após o Terramoto de 1755, permitiu aos homens com profissão de Carpinteiros de Machado obterem, no ano seguinte, um Alvará régio que autorizava a construção dentro da Ribeira das Naus, de um edifício em madeira para servir de Capela de São Roque. Esta construção foi desactivada, quando é autorizada a construção de uma nova Capela em alvenaria de “pedra e cal”, que foi sagrada no ano de 1761 (segundo provisão de 9 de Julho, in Livro de Registos de Provisões de 1760-1766), pelo Patriarca D. Francisco Saldanha da Gama, sendo-lhe atribuídos privilégios ao Altar desta Capela “para que a Missa que nelles se celebrar por qualquer Sacerdote Secular ou Regular”.
A responsabilidade do culto ficou a cargo da Irmandade do Glorioso São roque dos Carpinteiros de Machado, da qual só faziam parte os Irmãos com a profissão de carpinteiro de Machado e seus familiares.