A freguesia de Altares foi fundada em 1480, ficando inserida no território da capitania de Angra. A primitiva igreja ficou concluída em 1536 e em 1565, deu-se por concluída a demarcação da freguesia de Altares. Em 1870, foi extinto o concelho de São Sebastião, passando Altares a pertencer ao concelho de Angra. Em 1901, a Igreja de São Roque foi reconstruída e, em 1910, foram realizadas novamente obras de ampliação.