Na Freguesia de São Miguel foi construída a Igreja de São Miguel ou São Miguel de Alfama, que Cristovão de Oliveira refere no Summario em que brevemente se contem algumas cousas assim ecclesiasticas como seculares que ha na cidade de Lisboa de 1551, que nela estava instituída uma “confraria de São Roque”, da qual não foi, até ao momento, possível obter mais elementos.
Em 1673 iniciou-se a reconstrução da igreja, porque as antigas estruturas ameaçavam ruir, a obra prolongada até 1720, sendo dirigida pelo arquitecto João Nunes Tinoco.
Em 1755 e na sequência do Terramoto o templo foi reerguido, tendo sido aproveitanda parte da estrutura anterior.
