A actual igreja é o resultado da ampliação de uma pequena ermida dedicada a São Roque, cuja origem se pensa remontar aos finais do século XVI. Com a extinção da Confraria de São Roque, passou a ermida para a posse da Irmandade de São Pedro, constituída por marítimos e pescadores da Vila do Barreiro, da qual se regista a presença nesta igreja desde 1629.
No século XVIII, a ermida de São Roque era pequena para acolher todos os romeiros que ali se deslocavam, pelo que a rainha D. Maria I emitiu um alvará régio autorizando os membros da Confraria a ampliarem a ermida.
