Na sequência da Lei da Separação do Estado das Igrejas promulgada em Portugal a 20 de Abril de 1911, é suspenso o culto na Igreja de São Roque.

No dia 30 de Junho é realizado um Auto de Diligência à Capela de São Roque, levantado pela Comissão Concelhia de Inventário, constituída nos Termos do Artigo 63 do Decreto-Lei de 20 de Abril de 1911 (Arquivo Contemporâneo do Ministério das Finanças. Encarnação. Liv. 58. 13/07/1911-8/8/1911). Na Capela de São Roque reúnem-se os membros da Comissão Concelhia de Inventário, Dr. Ernesto Carneiro Franco, Administrador do 2.º Bairro Afonso de Albuquerque Cabral da Silva Amaral, aspirante da Repartição de Fazenda do 2.º Bairro e Agostinho Soares Pimenta, Presidente da Junta da Paróquia da Freguesia da Encarnação, para procederem ao arrolamento e inventário de “todos os bens mobiliários e imobiliários destinados a culto publico da religião católica”.

Nessa reunião, o primeiro secretário da Irmandade de São Roque, Raimundo Joaquim Loureiro representa a Mesa e mostra o Compromisso para comprovar a legalidade da instituição. E por este documento ser o original e não existir cópia impressa, não é anexada nenhuma cópia ao Auto de Deligência. Após a confirmação da legalidade dos actos da Irmandade, é encerrado o processo no dia 6 de Agosto, com a elaboração do Auto de Conclusão da diligência à Capela da Irmandade de São Roque. Nessa reunião estava presente a Comissão Concelhia do Inventário e pelo seu presidente, Ernesto Carneiro Franco, sendo lido o ofício n.º 110, da Comissão Central da Execução da Lei da Separação do Estado, de 4 de Agosto de 1911, no qual é registado que, à “Irmandade de S. Roque se lhe deve reconhecer individualidade jurídica. Nestes termos, e em conformidade com o disposto no Artigo sessenta e dois da lei de separação esta comissão Concelhia de Inventário resolveu não arrolar os bens da Irmandade, visto estar legalmente constituída” (AC do Ministério das Finanças. “Encarnação”. Liv. 58. 13/07/1911-8/8/1911).

Decorre a reforma dos Estatutos da Irmandade de São Roque aprovados em sessão de Junta Grande, a 24 de Dezembro de 1911 e sequente aprovação pelo Governo Civil de Lisboa, a 26 de Junho de 1913. O novo texto regulador mantem o espírito cultual da instituição e a Mesa reduz-se para sete elementos, em vez de onze anteriores, a saber:

            “Capitulo I. Da instituição e fins. Artigo 1.º Irmandade de São Roque instituída em 25 de Fevereiro de 1515 numa pequena Igreja especialmente construída para esse fim no sitio onde hoje se encontra a Igreja de S. Roque da Santa Casa da Misericórdia de Lisboa e que pela Irmandade foi cedida aos Padres da Companhia de Jesus por escriptura de 19 de Outubro de 1553 para ali fazerem a actual Igreja, com a clausula da antiga Capella mor [ficar] sendo a segunda Capela do lado esquerdo da nova Igreja, como ainda hoje se conserva, e uma associação de assistencia e beneficência composta de pessoas de ambos os sexos professando a Religião Catholica e Apost. Romana e tem por fim:

1.º Prestar culto à veneranda Imagem de S. Roque.

2.º Orar pelas necessidades temporaes e corporaes dos Irmãos e suffragar as almas dos que falleceram.

3.º Contribuir para a assistência e beneficência em conformidade com as Leis vigentes.

§ Único – A Irmandade não poderá gastar mais com os fins designados nos n.os 1.º e 2.º mais do que um terço da totalidade dos seus rendimentos, conforme determina o art. 38 das Lei de 20 de Abril de 1911(…)”(AH/IMSRL Doc. 1, cx.6).