A 30 de Setembro é passada a Provisão régia da entrega da Ermida de São Roque da Irmandade de São Roque à Companhia de Jesus.
No primeiro Domingo de Outubro de 1553 realiza-se a cerimónia oficial da entrega da Ermida à Companhia de Jesus, com a celebração de uma Missa Solene pelo Padre Jerónimo Nadal, Comissário-Geral da Companhia de Jesus na Província de Espanha.
A Companhia de Jesus inicia os seus ministérios, missas, pregações, confissões e comunhões, mas rapidamente a Ermida se torna pequena demais para acolher a imensidão de fiéis que aí se dirigia para ouvir a palavra divina, tendo que permanecer no exterior do templo. Junto à Ermida existiam umas casas térreas, uma em que se “recolhia o capellam do Sancto e o ermitam, e outra que servia a alguma pessoa devota que vinha fazer novena ao Sancto” (“História dos Mosteiros Conventos e Casas Religiosas de Lisboa”, 1962, p.220).