As Relíquias chegam a Lisboa e são recebidas pelo “Augustissimo Rey, da Corte e de todo o mais povo, com grande devaçam e confiança, que o santo largamente ao diante remunerou” (TELLES, Baltasar, “Chronica da Companhia de Jesus na Província de Portugal e do que fizeram nas conquistas deste Reyno os religiosos que na mesma província entraram, nos annos em que viveu Sancto Ignacio de Loyola”, Lisboa, Paulo Craesbeeck, 1645-1647).
A 20 de Março deste ano, a Confraria de São Roque recebe, por doação perpétua e irrevogável do Mosteiro de São Domingos da cidade de Lisboa, uma terra e herdade para edificar “a Igreja com sua alpendorada e dedicada ao Bemaventurado São Roque” (AH/IMSRL Doc. 8, cx 31). A Ermida é edificada à custa dos devotos e, entre estes, os homens de mester de Carpinteiros de Machado da Ribeira das Naus (FREITAS E AZEVEDO, “Memorias Históricas da Real Irmandade do Gloriozo S. Roque dos Carpinteiros de Machado. Estabelecida na sua Capela do Real Arsenal da Rib.ª das Naus 1781”, Arquivo Histórico da Marinha).
A 24 de Março de 1506 inicia-se a construção da Ermida de São Roque numa colina de Lisboa, fora da cerca Fernandina, junto do cemitério de pestíferos. Esta é a primeira ermida e confraria de São Roque que se edificou em Portugal, com altar para a exposição da Relíquia que acontecia nos momentos de peste, de jubileo e na festa do Santo. Foi designada por primaz, merecendo o reconhecimento e tendo o exclusivo de realizar a festa do Santo no dia 16 de Agosto, sem que as outras confrarias pudessem celebrá-lo nesse dia sem consentimento do juiz e dos mordomos da confraria, como é afirmado no Compromisso da Irmandade (1605). Esta decisão é igualmente arrogada pela Confraria da Corte (que da anterior se afastou), e por isso estes confrades fazem a festa ao Santo no domingo seguinte (BNP, “Historia da Fundaçam, e progresso da Casa de Sam Roque E Padres e Irmãos de notauel exemplo E uirtudes que nella Faleçerã ou Frutificarã E cousas mais notaueis cõforme à ordē de N. Pe Geral Claudio Aquauiua E começado Anõ de 1553. Livro P.º da Historia da fundação, e progresso da casa de S. Roque feita ẻ Março de 1574 e reuista, acrecentada, e proseguida em o fim de Dezembro de 1587”, Cod 4491).