O início do reinado de D. Manuel fica marcado pelos vários ciclos de peste e a população, atingida por doença súbita, desamparada pela angústia de não ter quem lhes garantisse gestos de caridade e socorro, descobre na figura de Roque de Montpellier, um exemplo de dedicação aos outros e de caridade, sendo tomado como patrono.
Com a República de Veneza, e apesar das desconfianças e rivalidades, são firmadas relações entre D. Manuel I e o Doge de Veneza, Leonardo Loredan, que permitiram que as relíquias de São Roque viessem de Veneza até Lisboa.
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No anno de Mil quatrocentos Noventa e seis, no principio do Reynado d’ El Rey D. Manoel, chegou a= Portugal a fama dos grandes milagres q(ue) S: Roque=fazia em França, e na Italia, em todos os feridos da peste; e uindo Lxª= esta noticia, a tempo q(ue) Por=tugal ardia [...]= causada de huma Náo Venezia=na q(ue) entrou neste Porto, quis El Rey aproveitarse dos remédios milagrosos de S. Roque. Mandou pedir à Senhoria de Veneza, [aonde esta o corpo deste Santo] alg.as = partes das suas relíquias: vieráo alg.as=, e do=se ordem a fazer huma Ermida, com a invocação do Santo; e esta se fez em hum campo fora da Cid.= onde hera huma de = olival de varias pessoas, junto à Porta da Cid.e= onde hoje hé o Arco de S. Roque, e místico ao semitério, onde enterravão os empestados.
Aos 24 de =1506 = Aos 24 de Março de 1506,= Principiou-se a Ermida de S. Roque, seg.do as dispozições referidas em o anno de 1496, = sendo a m=ma consagrada Authoritate Apostólica= pelo Bispo D. Duarte aos 25 de Fevereiro do anno 1515= E no anno de 1525=se consagrou o Adro da Ermida, Com a= m=m Authorid.e =, pelo Bispo D. Ambrozio q.do se entrou a fazer a Ermida, vierão os maiores fidalgos e senhores com seus filhos, carregar Pedra, Cal e Agoa, e todos os matheriais p.ª o edifício. As donzelas mais nobres q(ue) moravão em Alfama, vinhão em Companhia de seus Pays e Mays, com quartas de agoa do Chafariz de El Rey, enramadas com m.tas flores, dizendo q(ue) a Cal e Areia daquela Ermida, não havia de ser amassada, se não xcom a milhor agoa da cidade, nem trazida por dotros Jornaleiros. Acabada a Ermida, se instituio huma Confraria do nome do m.mo Sancto, na qual logo se assentarão todas as pessoas Reaes, mtos títulos, Fidalgos e Povo; e esta foi a prim.ª Igreja, e confraria de S. Roque, que houve em Espanha.
Trouxe o Pe Jerónimo Nadal, encomendado de Roma, do Geral Sancto Ignacio, p.ª q(ue) formase em Lx.ª huma Caza de Professos da Companhia Mendicantes: Entrarão os P.es na eleição do citio, e não lhe agradou [ductro] milhor, que a d.ª Ermida; mas os Confrades, por nenhum modo, tal querião consentir. Fallarão os P. es a El Rey, o qual mandou a D. Pedro de Mascarenhas, Estribeiro Mor, e Embachador em Roma, [de donde trouxe os d.tos P.e Franci.co X.er =p.ª a Índia] que acabase com os Confrades, a darem a Ermida aos Padres, mas não foi possível, de sorte que com as Armas querião defender. /fl.6 defender a Ermida. Resolverão se ahir p.ª o Campo de Santa Clara, para o Parahizo, onde principiarão.
Morava defronte da Porta principal do Carmo, D. Pedro de Mascarenhas, e sabendo sua mulher D. Elena de Mascarenhas, que os P.es hião p.º tão longe, dise a hum fidalgo q(ue) estava em sua caza com seu Marido tratando do m=mo negocio, estas formais palavras; S.º Franc.co Correa, não sofro q(ue) me leveis os meus Padres p.=ª o Paraizo em vida, senão por Morte; quero os cá; perto de mim; hão de morar vivos em S= Roque, e mortos, vão embora p.ª o Paraizo. Festejou o tal fidalgo o ditto, e como hia de caminho p.ª o Paço, contou o ditto da fidalga a El Rey, o qual disse q(ue) tornasse a intar com a Confraria, e visse se podia fazer vontade a D. Elena; com efeito tornou D. Pedro a fallar com os Confrades, e foi em tal occazião, q(ue) entregarão os Irmãos a Ermida de boa vontade; e p.=a ao diante não houvesse duvida, e de todo parasem as demandas, neste anno de 1553=se fez hum contracto por escriptura publica entre os P.e os Confrades, com as condições seguintes.
Primeira= Que os P.es serião obrigados a fazer huma Capella a S. Roque, na Igreja nova, e juntamente dar lhes sancristia, aonde pudessem ter os seus ornam.tos e o mays pertencente à d.ª Confraria.
Segundo= Que sempre se conservaria na d.ª Igreja nova, o titulo e invocação de S. Roque.
Terceira= Que os d.os Confrades possão ter meza de confraria na Igreja, e q(ue) os rendimentos da esmola q(ue) se derem no dia de S. Roque sejão p.ª a mesma Confraria.
Quarta= Que os Confrades não possão ter caixa na Igreja p.ª as esmolas, por ser contra o nosso instituto, e que em satisfação lhes darião os P.es seis mil reis cada anno.
Quinta= Que os di.tos Padres favorecessem sempre a d.ª confraria, q.ª q(ue) vá em aug.to; Item= Que lhes não podião impedir a Muzica. /fl.7 Muzica, nos dias do Santo, se a houvessem de fazer.
Tomarão os P.es posse, com assistência d’El Rey e do Infante D. Luiz e toda a Corte, em o Primeiro Domingo de Outubro, do anno de 1553, assistindo tãbem o Príncipe D. João, e o Arcebispo D. Fernando de Menezes. Disse Missa o P.e Hyeronimo de Nadal, Pregou o P. e Fran.co de Borja, e foi o primeiro que na Igreja de S. Roque pregou (...)”
(BNP, Miscelânea Curiosa e Interessante em Manuscrito. Tomo 1, fl 5v a 11v. , Cod 798, Reservados).