Para proteger a cidade de Lisboa e fazer cessar a epidemia da peste que vitimou um terço da população, D. Manuel I pediu a Veneza, onde ainda hoje se encontra o Túmulo de São Roque, que viessem para Portugal relíquias do Santo, já na altura considerado como protector contra as pestes.
Para acolherem essas relíquias, juntam-se um grupo de homens que construíram uma Ermida, onde hoje se situa a Igreja de São Roque.
A construção iniciou-se em 24 de Março de 1506, data que hoje se adopta como a da constituição da Irmandade de São Roque, que terá sido formada em data ainda incerta, mas seguramente anterior.